Wednesday, September 24, 2014

TUGAS TERJEMAHAN MIKROBIOLOGI PERTANIAN Mikrobiologi Pertanian Bagian 2

Oleh : Adib Fauzan  H0712004 Agroteknologi Fakultas Pertanian UNS

Chapter 1. Teori Endosimbiosis

Dalam upaya menjembati kesenjangan perubahan sejarah evolusi, para ilmuwan mengusulkan Teori Endosimbiosis Serial (SET). SET menyatakan bahwa evolusi eukariota dari prokariota melibatkan serikat simbiotik nenek moyang sebelumnya. Nenek moyang ini termasuk sel inang, mitokondria, kloroplas, dan sebuah prokariot yang memberikan gerak seluler. Dalam teori tersebut juga sudah dijelaskan bahwa nenek moyang mitokondria adalah bakteri yang hidup bebas seperti Daptobacter dan Bdellovibrio, sedangkan nenek moyang kloroplas adalah sianobacteria dan prokariot adalah archaebacterium. Dalam bukunya, Lynn Margulis yang merupakan pencetus versi modern SET, mengusulkan bahwa sel-sel eukariotik sebagai komunikasi dari interaksi entitas yang bergabung bersama dalam urutan tertentu yang kemudian akan menjadi organel dari sel inang. Sepanjang tulisannya itu pula Margulis berpendapat bahwa simbiosis merupakan pendorong utama di balik evolusi. Menurutnya kerjasama, interaksi, dan saling ketergantungan antara kehidupan untuk dominasi global akan hidup. Hal ini juga melengkapi gagasaan evolusi Darwin mengenai kompetisi yang terus-menerus antara mahluk hidup.
Adapun penemuan yang memperkuat SET adalah penemuan yang dilakukan oleh Kwang W. Jeon. Dia menyaksikan pembentukan sebuah simbiosis amuba dan bakteri dimana amuba menjaditergantung pada endosimbiosis bakteri. Jeon mengetahuinya dengan melakukan transplantasi inti antara amuba terinfeksi dan amuba yang kurang bakteri. Penemuan ini menunjukan bahwa endosimbiosis bisa memberikan mekanisme utama untuk evolusi seluler dan mampu menjelaskan pengenalan spesies baru. Selain bukti tersebut terdapat bukti lain yang dapat mendukung SET, yaitu gagasan tentang asal endosimbiotik mitokondria dan kloroplas. Di jelaskan bahwa mitokondria baru dan kloroplas dapat timbul hanya dari mitokondria dan kloroplas yang sudah ada sebelumnya, karena mitokondria dan kloroplas tidak dapat dibentuk dalam sel yang tidak memiliki keduanya sebab gen nuklirnya hanya kode untuk beberapa protein.
Mengenai udulipodia eukariotik yang berasal dari bakteri spirochete, masih terdapat kontroversi walaupun termasuk aspek yang diterima dari SET. SET mendalilkan bahwa udulipodia mungkin berasal dari bakteri melalui simbiosis motilitas (hipotesis eksogen). Sedangkan gagasan penentangnya menjelaskan bahwa udulipodia berasal dari internal sebagai perpanjangan mikrotubulus yang digunakan dalam mitosis (hipotesis eksogen). Hipotesis ini juga menekankan peran berbagai jenis mutasi pada evolusi pemisahan sel eukariotik dari prokariotik. Menurut Bermudes dan Margulis (1985) terdapat bukti yang dapat menunjukan hubungan darah atau mengenai asal undulipodia. Selain itu, SET dalam teorinya menyatakan bahwa eukariota berkembang ketika sel-sel archaea dan eubacterial (spirochete) diperbolehkan untuk mobilitas dan akhirnya mitosis. Karakteristik dari sel eukariotik sendiri adalah inti, Margulis mendukung suatu proses yang melibatkan kombinasi dari keturunan langsung dan simbiosis sebagai sumber sel bernukleus. Dalam makalah Golding dan Gupta terdapat perselisihan terhadap asal-usul inti dan menyarankan alternatif yaitu model chimeric. Model chimeric mengusulkan bahwa sel eukariotik pertama muncul sebagai hasil peristiwa fusi yang tidak biasa antara eubacterium Gram-negatif tanpa dinding sel dan archaebacterium dimana kedua orang tua memberikan kontribusi besar untuk genom nuklir sel. Model chimeric didasarkan pada bukti genetik dan biokimia. Salah satu buktinya adalah kenyataan bahwa sel-sel prokariotik merupakan homogenomic (bahan genetik berasal dari satu orang tua) sedangkan sel eukariotik heterogenomic (bahan genetik berasal dari dua atau lebih orang tua). Analisis ini menunjukan bahwa hubungan simbiosis antara bakteri gram-negatif dan archaebacteria layak dikatakan sebagai nenek moyang sel eukariotik.
Penelitian baru Martin dan Miller mengenai asal mitokondria yang merupakan hasil kecelakaan menyebabkan munculnya endosimbiosis teori baru yang disebut “hipotesis hidrogen”. Menurut hipotesis ini dijelaskan bahwa sel eukariotik muncul sebagai hasil dari suatu kesatuan tujuan antara sel inang archaebacterial, sebuah metanogen bahwa hidrogen dikonsumsi dan karbon dioksida untuk penghasil metana, serta simbion mitokondria masa depan yang membuat hidrogen dan karbon dioksida sebagai produk limbah dari metabolisme anaerobik. Jadi, meskipun simbion mampu melakukan respirasi aerobik, simbiosis tetap dimulai sebagai hasil dari produk metabolisme anaerobik. Penjelasan lain muncul dari Lopez dan Moreira yang dikenal sebagai “hipotesis syntrophic”. Menurut hipotesis ini simbiosis asli dipahami telah terjadi antara archaebacterium metanogen dan sulfat-respiring leluhur delta-proteobacterium, tentunya ini berbeda dengan hipotesis sebelumnya. Namun kedua hipotesis ini sepakat dalam saran dari metabolisme anaerobik untuk asal simbiosis mitokondria. Hingga saat ini simbiosis diterima masyarakat ilmiah sebagai faktor penting dalam menghasilkan perubahan evolusioner.

Chapter 2. Domain Archea

Prokariota adalah kumpulan organisme yang bahan inti selnya belum dilapisi membran. Cara reproduksi organismo prokariot dapat berlangsung secara aseksual dan seksual. Reproduksi aseksual dilakukan dengan cara pembelahan biner (binery fision), fragmentasi atau spora. Reproduksi secara seksual adalah dengan cara konjugasi, transduksi maupun transformasi.
Organisme prokariotik digolongkan dalam domain Eubacteria dan Archaebacteria, keduanya berbeda dalam hal penyusun dinding sel, membran sel, susunan RNA ribosom, dan habitatnya. Domain Archaebacteria Berdasarkan fisiologinya, diklasifikasikan menjadi metanogen, ekstrem halofil, dan  termoasidofil. Sedangkan domain Eubacteria beranggotakan bakteri dan ganggang hijau biru (Cyano bacteriaatau Cyanophyta).
Berdasarkan metabolime dan lingkungan hidupnya yang ekstrim, Arkhaebakteria digolongkan dalam 3 kelompok yaitu termofilik ekstrim, halofilik ekstrim, dan metanogen. Selain itu ada kelompok Arkhaebakteria tanpa dinding sel.
1.      Ciri  - ciri Archaebacteria
      -          Dinding sel tersusun atas sedikit peptidoglikan.                           
-          memiliki tipe lemak yang berbeda di dalam membran plasma
-          memiliki variasi pada ribososm dan dengan struktur gen yang berbeda
-          hidup di bebatuan yang keras tidak membutuhkan oksigen dan hidup di daerah yang asin, ektrim panas, ekstrim basa dan di tempat yang kadar metananya tinggi.
-          Disebut juga bakteri purba
2.      Jenis Archaebacteria
a.       Bakteri metanogen, Bakteri ini hidup dilingkungan yang anaerob mendapatkan energi dengan cara merubah senyawa H2 dan CO2 menjadi metana. Adapun ciri – ciri dari bakteri ini adalah sebagai berikut :
-          mengubah CO2, H2 dan asam organik menjadi gas metana (CH4)
-          tidak membutuhkan oksigen (anaerob obligat)
-          kisaran suhu : mesofilik
-          berperan penting dalam mengolah limbah organik pada lapisan lumpur, danau, dan sedimen di dasar laut menjadi metana
-          jenis metanogen Methanobacterium ruminantium hidup dalam saluran pencernaan hewan ruminansia (pemamah biak) membantu mencerna selulosa dari rumput dan menghasilkan 400 liter metana dalam sehari
contoh lain:  Methanobacteriales, Methanococcales, Methanomicrobiales, Methanosarcinales, Methanopyrales

b.      Bakteri Thermoacidofil,
Adapun cir – ciri dari bakteri thermoacidofil ini adalah :
-          organisme termofilik dapat bertahan hidup pada suhu >45oC
-          organisme hipertermofilik hidup pada suhu >80oC dengan suhu optimum 70-110oC
-          berbentuk batang, bulat atau filamen
-          jenis Gram negatif
-          kebutuhan oksigen : anaerob atau aerob fakultatif
-          tempat hidup pada lingkungan asam dengan pH 1-2 (asidofilik)
-          metabolisme belerang
-          habitat : lubang vulkanis, kawah vulkanis, mata air belerang

Contoh :
Geogemma → dapat bertahan hidup selama 2 jam pada suhu 130oC
Pyrodictium → diisolasi dari dasar laut
Thermoproteus → hidup di perairan panas yang kaya belerang
Sulfolobus → hidup di mata air panas dan kadang di tanah
c.       Bakteri ekstrim halofit, Bakteri ini hidup di air sangat asin menggunakan garam menghasilakn energi (ATP). Laut mati dan danau asin merupakan habitat yang ideal untuk pertumbuhan bakteri ini
Dengan cir – ciri sebagai berikut :
-         Dapat bertahan hidup pada kadar garam 9%. Ada yang tumbuh optimum dengan kadar garam 17-23% dan bertahan pada kadar garam 35%
-          Bentuk bulat dan batang tidak beraturan
-          Jenis gram positif dan gram negatif
-          Kisaran suhu : mesofil dan sedikit termofil
-          Kebutuhan oksigen : aerob
-          Memiliki flagel
-          Memiliki pigmen merah/orange (bakteriodopsin) untuk memanfaatkan energi cahaya dalam mengubah co2 menjadi bahan organik
-          Hidup berkoloni dan dapat membusukkan bahan makanan yang diasinkan
-          Habitat : laut mati, danau great salt
contoh: Halobacterium salinarium, Halococcus, Natronobacterium

Chapter 3. Virus

Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis. Virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri. Dalam sel inang, virus merupakan parasit obligat dan di luar inangnya menjadi tak berdaya. Biasanya virus mengandung sejumlah kecil asam nukleat yang diselubungi semacam bahan pelindung yang terdiri atas protein, lipid, glikoprotein, atau kombinasi ketiganya. Genom virus menyandi baik protein yang digunakan untuk memuat bahan genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam daur hidupnya.
Istilah virus biasanya merujuk pada partikel-partikel yang menginfeksi sel-sel eukariota (organisme multisel dan banyak jenis organisme sel tunggal), sementara istilah bakteriofag atau fag digunakan untuk jenis yang menyerang jenis-jenis sel prokariota (bakteri dan organisme lain yang tidak berinti sel).
Virus sering diperdebatkan statusnya sebagai makhluk hidup karena ia tidak dapat menjalankan fungsi biologisnya secara bebas. Karena karakteristik khasnya ini virus selalu terasosiasi dengan penyakit tertentu, baik pada manusia (misalnya virus influenza dan HIV), hewan (misalnya virus flu burung), atau tanaman (misalnya ­virus mosaik tembakau)
Sejarah virus
Menurut para ahli biologi, virus merupakan organisme peralihan antara makhluk hidup dan benda mati. Dikatakan peralihan karena virus mempunyai ciri-ciri makhluk hidup, misalnya mempunyai DNA (asam deoksiribonukleat) dan dapat berkembang biak pada sel hidup. Memiliki ciri-ciri benda mati seperti tidak memiliki protoplasma dan dapat dikristalkan. Para penemu virus antara lain D. Iwanoski (1892) pada tanaman tembakau, dilanjutkan M. Beijerinck (1898), Loffern dan Frooch (1897) menemukan dan memisahkan virus penyebab penyakit mulut dan kaki (food and mouth diseases), Reed (1900) berhasil menemukan virus penyebab kuning (yellow fever), Twort dan Herelle (1917) penemu Bakteriofage, Wendell M. Stanley (1935) berhasil mengkristalkan virus mosaik pada tembakau. Pengetahuan tentang virus terus berkembang sampai lahir ilmu cabang biologi yang mempelajari virus disebut virology.
1. Ciri-ciri Virus
- Berukuran ultra mikroskopis
- Parasit sejati/parasit obligat
- Berbentuk oval, bulat, batang, huruf T, kumparan
- Kapsid tersusun dari protein yang berisi DNA saja atau RNA
- Dapat dikristalkan
- Aktivitasnya harus di sel makhluk hidup
2. Struktur dan anatomi Virus
Untuk mengetahui struktur virus secara umum kita gunakan bakteriofage (virus T), strukturnya terdiri dari:
a. Kepala
Kepala virus berisi DNA dan bagian luarnya diselubungi kapsid. Satu unit protein yang menyusun kapsid disebut kapsomer.
b. Kapsid
Kapsid adalah selubung yang berupa protein. Kapsid terdiri atas kapsomer. Kapsid juga dapat terdiri atas protein monomer yang yang terdiri dari rantai polipeptida. Fungsi kapsid untuk memberi bentuk virus sekaligus sebagai pelindung virus dari kondisi lingkungan yang merugikan virus.
c. Isi tubuh
Bagian isi tersusun atas asam inti, yakni DNA saja atau RNA saja. Bagian isi disebut sebagai virion. DNA atau RNA merupakan materi genetik yang berisi kode-kode pembawa sifat virus. Berdasarkan isi yang dikandungnya, virus dapat dibedakan menjadi virus DNA (virus T, virus cacar) dan virus RNA (virus influenza, HIV, H5N1). Selain itu di dalam isi virus terdapat beberapa enzim. 

d. Ekor
Ekor virus merupakan alat untuk menempel pada inangnya. Ekor virus terdiri atas tubus bersumbat yang dilengkapi benang atau serabut. Virus yang menginfeksi sel eukariotik tidak mempunyai ekor.
Virus terkecil berdiameter hanya 20 nm (lebih kecil daripada ribosom), sedangkan virus terbesar sekalipun sukar dilihat dengan mikroskop cahaya.
Asam nukleat genom virus dapat berupa DNA ataupun RNA. Genom virus dapat terdiri dari DNA untai ganda, DNA untai tunggal, RNA untai ganda, atau RNA untai tunggal. Selain itu, asam nukleat genom virus dapat berbentuk linear tunggal atau sirkuler. Jumlah gen virus bervariasi dari empat untuk yang terkecil sampai dengan beberapa ratus untuk yang terbesar. Bahan genetik kebanyakan virus hewan dan manusia berupa DNA, dan pada virus tumbuhan kebanyakan adalah RNA yang beruntai tunggal.
Bahan genetik virus diselubungi oleh suatu lapisan pelindung. Protein yang menjadi lapisan pelindung tersebut disebut kapsid. Bergantung pada tipe virusnya, kapsid bisa berbentuk bulat (sferik), heliks, polihedral, atau bentuk yang lebih kompleks dan terdiri atas protein yang disandikan oleh genom virus. Kapsid terbentuk dari banyak subunit protein yang disebut kapsomer.
3. Reproduksi Virus
Cara reproduksi virus dikenal sebagai proliferasi yang terdiri dari:
a. Daur litik (litic cycle)
1. Fase Adsorbsi (fase penempelan)
Ditandai dengan melekatnya ekor virus pada sel bakteri. Setelah menempel virus mengeluarkan enzim lisoenzim (enzim penghancur) sehingga terbentuk lubang pada dinding bakteri untuk memasukkan asam inti virus.

2. Fase Injeksi (memasukkan asam inti)
Setelah terbentuk lubang pada sel bakteri maka virus akan memasukkan asam inti (DNA) ke dalam tubuh sel bakteri. Jadi kapsid virus tetap berada di luar sel bakteri dan berfungsi lagi.
3. Fase Sintesis (pembentukan)
DNA virus akan mempengaruhi DNA bakteri untuk mereplikasi bagian-bagian virus, sehingga terbentuklah bagian-bagian virus. Di dalam sel bakteri yang tidak berdaya itu disintesis virus dan protein yang dijadikan sebagai kapsid virus, dalam kendali DNA virus.
4. Fase Asemblin (perakitan)
Bagian-bagian virus yang telah terbentuk, oleh bakteri akan dirakit menjadi virus sempurna. Jumlah virus yang terbentuk sekitar 100-200 buah dalam satu daur litik.
5. Fase Litik (pemecahan sel inang)
Ketika perakitan selesai, maka virus akan menghancurkan dinding sel bakteri dengan enzim lisoenzim, akhirnya virus akan mencari inang baru.
b. Daur lisogenik (lisogenic cycle)
1. Fase Penggabungan
Dalam menyisip ke DNA bakteri DNA virus harus memutus DNA bakteri, kemudian DNA virus menyisip di antara benang DNA bakteri yang terputus tersebut. Dengan kata lain, di dalam DNA bakteri terkandung materi genetik virus.
2. Fase Pembelahan
Setelah menyisip DNA virus tidak aktif disebut profag. Kemudian DNA bakteri mereplikasi untuk melakukan pembelahan.
3. Fase Sintesis
DNA virus melakukan sintesis untuk membentuk bagian-bagian viirus
4. Fase Perakitan
Setelah virus membentuk bagian-bagian virus, dan kemudian DNA masuk ke dalam akan membentuk virus baru
5. Fase Litik
Setelah perakitan selesai terjadilah lisis sel bakteri. Virus yang terlepas dari inang akan mencari inang baru

4. Klasifikasi Virus
Menurut klasifikasi Bergey, virus termasuk ke dalam divisio Protophyta, kelas Mikrotatobiotes dan ordo Virales (Virus). Pada tahun 1976 ICTV (International Commite on Taxonomy of Virus) mempublikasikan bahwa virus diklasifikasikan struktur dan komposisi tubuh, yakni berdasarkan kandungan asam. Pada dasarnya virus dibedakan atas dua golongan yaitu virus DNA dan virus RNA.
a. Virus DNA mempunyai beberapa famili:
1. Famili Parvoviridae seperti genus Parvovirus
2. Famili Papovaviridae seperti genus Aviadenovirus
3. Famili Adenoviridae seperti genus Mastadenovirus
4. Famili Herpesviridae seperti genus Herpesvirus
5. Famili Iridoviridae seperti genus Iridovirus
6. Famili Poxviridae seperti genus Orthopoxvirus
b. Virus RNA mempunyai beberapa famili:
1. Famili Picornaviridae seperti genus Enterivirus
2. Famili Reoviridae seperti genus Reovirus
3. Famili Togaviridae seperti genus Alphavirus
4. Famili Paramyvoviridae seperti genus Pneumovirus
5. Famili Orthomyxoviridae seperti genus Influensavirus
6. Famili Retroviridae seperti genus Leukovirus
7. Famili Rhabdoviridae seperti genus Lyssavirus
8. Famili Arenaviridae seperti genus Arenavirus
5. Peran Virus dalam Kehidupan Manusia
a. Virus yang menguntungkan, berfungsi untuk:
1. Membuat antitoksin
2. Melemahkan bakteri
3. Memproduksi vaksin
4. Menyerang patogen
b. Virus yang merugikan, penyakit-penyakit yang disebabkan virus antara lain:
1. Pada Tumbuh-tumbuhan
Mozaik pada daun tembakau Tobacco Mozaic Virus
Mozaik pada kentang Potato Mozaic Virus
2. Mozaik pada tomat Tomato Aucuba Mozaic Virus
Kerusakan floem pada jeruk Citrus Vein Phloem Degeneration
3. Pada Hewan
Tetelo pada Unggas New Castle Disease Virus
Cacar pada sapi Vicinia Virus
Lidah biru pada biri-biri Orbivirus
Tumor kelenjar susu monyet Monkey Mammary Tumor Virus
4. Pada Manusia
Influensa Influenzavirus
AIDS Retrovirus
SARS Coronavirus
Flu burung Avianvirus

Chapter 4. Fungi

Organisme yang disebut fungi bersifat heterotrof, diding sel spora mengandung kitin, tidak berplastid, tidak berfotosintesis, tidak bersifat fagotro, umumnya memiliki hifa yang berdinding yang dapat berinti banyak (multinukleat) atau berinti tunggal (mononukleat), dan memperoleh nutrein dengan cara absorbsi (Gandjar, I., Wellyzar, S., Ariyanti, O.: 2006).
A. HISTORI SISTEM KLASIFIKASI FUNGI
Klasifikasi organisme berdasarkan kekerabatan evolusi diawali oleh Whitttaker (1969) yang mengenalkan sistem lima kingdom (=regnum(latin)) dan menumbangkan sistem tiga kingdom. Menurut Whitttaker, sistem tiga kingdom, yaitu Prokariota, hewan , damn tumbuhan, tidak menunjukan adanya kekerabatan di antara mereka. Sistem lima kingdom yang diusulkannya, memununjukan kekerabatan evolusi diantara kelima kingdom tersebut. Hal tersebut merupakan awal dalam usaha menetapkan kelompok monofiletik untuk mengembangakan suatau klasifikasi yang menunjukan kekerabatan evolusi antara kelompok-kelompok (klasifikasi filogenetik) (Alexopoulos dalam Gandjar, I., Wellyzar, S., Ariyanti, O.: 2006).
Lebih dari 100.000 spesies fungi telah diketahui, dan para ahli mikologi (ahli biologi yang mempelajari fungi) memperkirakan bahwa terdapat sekitar 1,5 juta spesies di seluruh dunia. Skema taksonomik yang digunakan dalam baba ini mengklasifikasikan fungi ke dalam empat divisi (Cambell; 2003).

B. TAKSONOMI
Meskipun secara tradisional termasuk banyak di kurikulum botani dan buku pelajaran, jamur kini dianggap lebih dekat dengan hewan dibandingkan tumbuhan dan ditempatkan dengan binatang di opisthokon kelompok monophyletic.Analisis menggunakan Phylogenetic molekuler mendukung asal monophyletic Fungi.Taksonomi dari Fungi berada dalam keadaan fluk yang konstan, khususnya karena berdasarkan perbandingan DNA pada penelitian baru-baru ini. Saat ini sering menjungkirbalikkan analisis filogenetik berdasarkan klasifikasi yang lebih tua dan kadang-kadang kurang bersifat diskriminatif berdasarkan morfologi metode fitur dan konsep-konsep spesies biologi yang diperoleh dari percobaan perkawinan.
Tidak ada sistem yang unik yang diterima secara umum di tingkat taksonomi yang lebih tinggi dan ada nama yang sering berubah pada setiap tingkat, dari spesies ke atas. Usaha di antara para peneliti sekarang sedang dilakukan untuk membangun dan mendorong penggunaan universal dan tatanama yang lebih konsisten. Spesies jamur juga dapat memiliki beberapa nama ilmiah tergantung pada siklus hidup mereka dan bentuk (seksual atau aseksual) reproduksi. Situs web seperti Indeks ITIS Fungorum dan daftar nama spesies jamur saat ini
Klasifikasi 2007 dari regnum Fungi adalah hasil dalam skala besar upaya penelitian kolaboratif yang melibatkan puluhan mycologists dan ilmuwan yang bekerja pada taksonomi jamur.Mengakui tujuh filum, dua di antaranya Ascomycota dan Basidiomycota-yang terkandung mewakili cabang Subregnum Dikarya.
C. KLASIFIKASI FUNGI
1. FILUM CHYTRIDIOMYCOTA
Gambar: jamur ndoso alias primitif
Sumber: davidlnelson.md

Ciri Morfologi
Chytrids bersifat uniselular, berkoloni, atau merupakan organisme yang berfilamen yang mengambil nutrein dengan cara absorbsi dan mempunyai sebuah alat gerak yang terletak di bagian posterior, Chytrid demikian disebut zoospora berflagela tunggal (uniflagellated zoospores).Beberapa spesies memiliki flagedua atau lebih ( bi- dan polyflagellated Zoospores) (Gandjar, I., Wellyzar, S., Ariyanti, O.: 2006).
Reproduksi
Baik zoospora dan gamet dari chytrids adalah motil oleh flagela mereka, satu pukulan cemeti per individu. Sebuah contoh spesies Chytrid water mold – Allomyces getah adalah saprotriof ditemukan dalam air atau tanah basah. Spesies memiliki siklus hidup yang menarik. Tallus (tubuh) memiliki rhizoid dan memiliki batang tegak yang terdapat organ reproduksi pada akhir cabang. Siklus hidup memiliki kemampuan untuk berubah dari generasi haploid dan diploid. Bentuk tallus haploid jantan dan betina yang gametangia dari gamet berflagella dilepaskan dan bergabung untuk membentuk sebuah Zigot. Gamet-gamet dan gametangia betina menarik lawan jenis dengan menghasilkan feromon. Berkecambah menghasilkan zigot yang diploid tallus dengan dua macam sporangia; zoosporangia berdinding tipis yang melepaskan zoospora diploid menghasilkan tallus diploid dan sporangia yang haploid berdinding tebal setelah meiosis membentuk zoospora yang bertallus haploid (Anonim, 2009).
Bukti molekuler juga mendukung hipotesis bahwa khitrid merupakan fungi yang paling primitif, yang berarti bahwa khitrid termasuk ke dalam garis keturunan yang memisah paling awal dalam filogeni fungi. Suatu perluasan yang masuk akal darihipotesis ini adalah bahwa fungi berevolusi dari protista yang memiliki flagella, suatu cirri yang dipertahankan dalam kingdom fungi hanya khitrid (Cambell; 2003).

2. FILUM ZYGOMYCOTA
Gambar: jamur Pilobulus Sp.
Sumber: thaigoodview.com

Salah satukelompok besar yang penting membentuk mikorhiza, yaitu asosiasi mutualistik Zigomisetes dengan akar tumbuhan. Hifa zigomisetes adalah hifa senositik, dengan septa yang hanya ditemukan di tempat sel reproduksi terbentuk. Nama divisi ini berasal dari zigosporangia, struktur resisten yang terbentuk selama reproduksi seksual (Cambell; 2003).
Ciri Morfologi
Zygomycota adalah salah satu divisi fungi, terdiri dari dua kelas, yaitu Trichomycetes da Zygomycetes. Ciri khas fungi fungi Zygomycetes adalah menghasilkan zigospora berdinding tebal pada reproduksi seksual dan pada reproduksi aseksual menghasilkan sporangium yang umumnya besar berbentuk bulat atau semibulat yang dibentuk pada hif fertile khusus yang disebut sporagiofor. Sporagium berisi sporagiospora. Ada juga spesies dengan sporangium berukuran kecil yang terbentuk secara simultan, disebut sporagiola, keseluruhannya mirip kembang kol, misalnya pada Botrytis cinerea (Gandjar, I., Wellyzar, S., Ariyanti, O.: 2006).
Reproduksi
Contoh yang umum dari suatu zygomycota hitam bread mold (Rhizopus stolonifer), sebuah anggota Mucorales. Menyebar di atas permukaan roti dan sumber makanan lain, menyebarkan hifa kedalam untuk menyerap nutrisi. Dalam fase aseksual perkembangan sporangia hitam bulat di ujung hifa tegak, masing-masing berisi ratusan spora haploid. Seperti dalam kebanyakan zygomycetes, reproduksi aseksual adalah bentuk yang paling umum. Reproduksi seksual pada Rhizopus stolonifera, seperti dalam zygomycetes lain, terjadi ketika haploid hifa konjugasi berbeda jenis berdekatan satu sama lain. Pertumbuhan gametangia dimulai setelah gametangia kontak, dan Plasmogami, atau fusi sitoplasma terjadi. Setelah itu terjadi Kariogami, yang merupakan perpaduan dari inti. zygosporangia yang dihasilkan merupakan berkromosom diploid. Zygosporangia biasanya berdinding tebal, sangat tahan terhadap lingkungan tidak menguntungkan, dan inert metabolik. Ketika kondisi membaik, mereka berkecambah untuk menghasilkan sporangium atau hifa vegetatif (Anonim, 2009).
3. FILUM ASCOMYCOTA
Gambar: jamur Xylaria Sp.
Sumber: perspective.com
Fungi Ascomycota mengalami meiosis setelah pembentukan zigot yang berumur pendek dan menghasilkan meiospora dengan pembentukan sel bebas dalam sebuah meiosporagium yang disebut askus. Ascomycota menunjukan kompatibilitas seksual bipolar dan memiliki dinding sel yang terdiri dari dua lapisan ( bi-layered). Pohon filogenetik berdasarkan sekuens 18S rDNA menunjukan bahwa Ascomycota dan Basidiomycota mengalami divergensi satu dengan yang lainnya pada era Paleozoic, sekitar 500 juta tahun yang lalu (Barbee & Taylor dalam Gandjar, I., Wellyzar, S., Ariyanti, O.: 2006).
Ciri yang mendefinisikan Askomikota adalah fungi ini menghasilkan spora seksual dalam aski (tunggal,askus) yang mirip kantung, berbeda dengan fungi zigot, sebagaian beasr fungi kantung mengandung tahapan seksual mereka dalam badan buah makroskopik, atu askokarpus. Askomisetes bereproduksi secara aseksual dengan cara menghasilkan spora aseksual dalm jumlah yang amat besar, yang sering kali tersebar oleh angin. Spora aseksual ini dihasilkan pada ujung hifa, sering kali dalam rantai yang panjang atau dalam kelompok. Spora tersebut tidak terbentuk di dalam sporangia, seperti halnya pada Zigomikota. Spora terbuka seperti itu disebut konidia, dari Bahasa Yunani Yang berarti “debu” (Cambell; 2003).
4. FILUM BASIDIOMYCOTA
Gambar: jamur Clavulinopsis Sp.
Sumber: jabus-ps.me.uk
Sekitar 25.000 fungi, yang meliputi cendawan, fungi rak, puffball, dan rust, dikelompokan ke dalam divisi Basidiomikota. Nama itu berasal dari basidium (bahasa latin yang berarati “alas kecil “, suatu tahapan diploid sementara dalam siklus hidup oraganisme tersebut. Bentuk basidium yang mirip gada juga menyebabakan fungi tersebut dikenal dngan nama umum fungi gada (club fungi) ” (Cambell; 2003).
Pohon filogenetik berdasarkan analisis sekuen nuclear small subunit ribosomal DNA dengan jelas memperlihatkan bahwa fungi tingkat tinggi (higher fungi) adalah kelompok yang monofiletik dengan dua sister grup yang monofiletik, yaitu Ascomycota dan Basidiomycota. Filum Basidiomycota dibagi kedalam tiga kelompok utama, yaitu Uridinimycetes, Hymenomycetes, dan Ustilaginomycetes ( Sjamsuridzal dalam Gandjar, I., Wellyzar, S., Ariyanti, O.: 2006).
Variasi dalam Siklus-Hidup
Banyak variasi yang terjadi. Ada yang kompatibel sendiri dan membentuk secara spontan dikaryot tanpa terpisah dari tallus. Jamur ini dikatakan homothallic, versus heterothallic yang merupakan normal spesies pasangan kawin. Homothallic sekunder lainnya,mengandung dua nukleus yang kompatibel bermeiosis berikut basidiospore bermigrasi ke masing-masing posisi, yang kemudian tersebar sebagai dikaryon yang sudah ada sebelumnya. Seringkali spesies tersebut hanya bentuk dua spora per basidium, tetapi hal itu juga bervariasi. Setelah meiosis, pembelahan mitosis dapat terjadi di basidium. Salah satu dari basidiospores dapat terjadi angka ganjil melalui degenerasi dari nukleus, atau pasangan inti, atau kurangnya migrasi inti. Sebagai contoh, spesies Craterellus chanterelle sering memiliki 6-spora basidia, sementara beberapa spesies corticioid sistotrema dapat memiliki 2 -, 4 -, 6 -, atau 8-spora basidia, dan salah satu jamur yang dibudidayakan, Agaricus bisporus dapat memiliki 1 -, 2 -, 3 – atau 4-spora basidia dalam keadaan tertentu. Kadang-kadang morfologis beberapa taksa monokaryon dapat terbentuk sepenuhnya dan anatomis basidiomes sudah basidia dan basidiospora dalam bentuk tidak dikaryon , diploid inti, dan meiosis. Beberapa jumlah taksa langka telah memperluas siklus hidup diploid, tetapi pada umumnya. Contoh ada dalam genera jamur Armillaria dan Xerula, baik di Physalacriaceae. Basidiospora Kadang-kadang tidak terbentuk dan bagian-bagian “basidia” bertindak sebagai agen penyebaran, misalnya jeli mycoparasitic khas jamur, Tetragoniomyces atau seluruh “basidium” bertindak sebagai “spora”, misalnya dalam beberapa puffballs palsu (Scleroderma). Dalam genus patogenik manusia Filobasidiella meiosis berikut 4 inti tetap berada dalam basidium tapi terus membagi secra mitosis, masing-masing inti bermigrasi ke basidiospora membentuk serempak yang kemudian didorong ke atas oleh organisme lain yang terbentuk di bawah mereka, sehingga terdapat 4 paralel rantai kering “basidiospores”. Variasi lain terjadi, sebagian sebagai standar siklus-hidup (yang tersendiri memiliki variasi dalam variasi) dalam perintah khusus (Anonim, 2009).

Chapter 5. Algae

Dalam dunia tumbuhan ganggang termasuk kedalam dunia tallopyta (tumbuhan talus), karena belum mempunyai akar, batang dan daun secara jelas.dan ganggang ada yang bersel tunggal dan juga ada yang bersel banyak dengan bentuk Alga (jamak Algae) juga adalah sekelompok organisme autotrof yang tidak memiliki organ dengan perbedaan fungsi yang nyata. Alga bahkan dapat dianggap tidak memiliki “organ” seperti yang dimiliki tumbuhan (akar, batang, daun, dan sebagainya). serupa benang atau lembaran.
Tubuh ganggang terdapat zat warna (pigmen), yaitu :
-    fikosianin           : warna biru
-    klorofil               : warna hijau
-    fikosantin           : warna perang/ coklat
-    fikoeritrin           : warna merah
-    karoten               : warna keemasan
-    xantofil               : warna kuning

Ganggang bersifat autotrof (dapat menyusun makanannya sendiri). Hampir semua ganggang bersifat eukaryotik. Habitat hidupnya di air tawar, laut dan tempat-tempat yang lembab.
Ganggang terbagi menjadi beberapa kelas :
-    Cyanophyta    (ganggang biru), masih prokaryotik.
-    Chlorophyta   (ganggang hijau)
-    Chrysophyta   (ganggang keemasan)
-    Phaeophyta    (ganggang coklat/ perang)
-    Rhodophyta    (ganggang merah)

Ganggang atau Alga Orang-orang di negara Jepang banyak yang memakan ganggang, karena tumbuhan itu selain lezat juga merupakan sumber vitamin C dan mineral. Selain ganggang, di dalam laut juga ada bunga laut. Ada lagi yang disebut dengan rumput laut. Rumput laut banyak sekali ditemukan di Laut daerah Mediterania.
Sebagian tumbuhan laut dapat ditemukan dekat dengan tepi laut, sebagian lagi dapat ditemukan tumbuh di laut bebas. Tiap tumbuhan memerlukan sinar matahari untuk berfotosintesis maka tumbuhan laut tumbuh dekat dengan permukaan laut. Banyak ilmuwan yang mengemukakan bahwa Alga (Ganggang) sebenarnya bukanlah tumbuhan. Mereka memiliki jenis yang terpisah disebut Protist. Sebagian besar Protist tidak dapat berfotosintesis (membuat makanannya sendiri).
Seperti diketahui dari namanya, ganggang laut adalah tumbuhan laut yang hidup di air asin. Ganggang ada yang mengambang secara bebas tetapi sebagian besar hidup berdekatan dengan permukaan laut di batu-batu karang, rumah keong atau siput. Ganggang hidup di sepanjang tepi laut yang dangkal sering juga disebut “Intertidal Zone” (daerah pasang surut air). Ganggang dapat ditemukan dalam jarak 40 meter (130 kaki) dibawah laut atau daerah yang masih terkena sinar matahari.
Ganggang biasanya ditemukan di pantai-pantai kecuali di Pantai barat Afrika dan di barat tengah Amerika. Beberapa tumbuhan laut dan Ganggang hidup dengan satu sel yang hanya dapat dilihat dengan mikroskop. Kebanyakan ganggang laut tersusun dari banyak sel, karena itu dapat dilihat langsung dengan mata kita.
Ganggang terbagi menjadi 3 grup berdasarkan warnanya, yaitu Ganggang Hijau, Coklat dan Merah.Yang diketahui sekarang Ganggang Merah 6000 jenis, Ganggang Coklat 2000 jenis dan ganggang Hijau 1200 jenis.
Ganggang yang bersifat bentik digolongkan lagi menjadi;
a. Epilitik ( hidup diatas batu)
b. Epipalik (melekat pada lumpur atau pasir)
c. Epipitik ( melekat pada tanaman )
d. Epizoik ( melekat pada hewan).
a.    Habitat Alga

Penyebaran makro alga dibatasi oleh daerah litoral dan sub litoral dimana masih terdapat sinar matahari yang cukup untuk dapat berlangsungnya proses fotosintesa. Didaerah ini merupakan tempat yang cocok bagi kehidupan alga karena terdiri atas batuan. Daerah intertidal pada pantai yang berbatu-batu mempunyai sifat tertutup sesuai daerah alga merah atau alga coklat terutama alga dari genus facus alga yang sering disebut rumput laut (seaweeds). Biasanya makro alga sedikit terdapat diperairan yang dasarny berlumpur atau berpasir karena sangat terbatas benda keras yang cukup kokoh untuk tempatnya melekat. Umumnya ditemukan melekat pada terumbu karang, batuan, potongan karang, cangkang molusca, potongan kayu dan sebagainya
Penyebaran dan pertumbuhan seaweeds disuatu perairan pantai sangat dipengaruhi oleh faktor-faktor salinitas, intensitas cahaya matahari, dan turbiditas dan juga tipe substrat dan kedalaman dasar laut adalah dua faktor penting yang menentukan kehadiran suatu jenis
alga bersel banyak kebanyakan melekat pada batuan atau dasar yang keras diperairan dangkal. Alga ini melekat dengan menggunakan organ yang kuat memegang tetapi bukan akar dan sering kali membentuk hutan yang luas (kelp beds) tepat dibawah garis air surut atau pasang surut
Tumbuhan alga merupakan tumbuhan tahun yang hidup di air, baik air tawar maupun air laut, setidak-tidaknya selalu menempati habitat yang lembab atau basah. Tubuh alga menunjukkan keanekaragaman yang sangat besar, tetapi sernua selnya selalau jelas mempunyal inti dan plastida dan dalam plastidnya terdapat zat-zat warna derivat kiorofil yaltu kiorofil a, b atau kedua-duanya. Selain derivat-derivat klorofil terdapat pula zat-zat warna lain yang justru kadang-kadang lebih inenonjol dan menyebabkan ketompok-kelompok ganggang tertentu diberi nama menurut warna tadi.
Zat-zat warna tersebut berupa fikosianin (berwama biru), fikosantin (berwarna pirang), fikoeritrin (he merah). Disamping itu juga diternukan zat-zat warna santofli dan karoten.

Berdasarkan habitat yang ditempatinya diperairan , dibedakan atas:
a. Ganggang Subbaerial yaitu ganggang yang hidup didaerah permukaan,
b. Ganggang Intertidal, yaitu ganggan secara periodic muncul kepermukaan karena naik turun air akibat pasang surut.
c. Ganggang Subritorsal, yaitu ganggang yang berada dibawah permukaan air,
d. Ganggang Edafik, yaitu ganggang yang hidup diddalam tanah pada dasar perairan

Pigmen
Ganggang memiliki pigmen hijau daun yang disebut klorofil sehingga dapat melakukan fotosintesis. Selain itu juga memiliki pigmen – pigmen tambahan lain yang dominan. Ganggang memiliki ukuran yang beraneka ragam ada yang mikroskopis, bersel satu, berbentuk benang atau pita , atau bersel banyak berbentuk lembaran. Dalam perairan ganggang merupakan penyusun vitoplankton yang biasanya melayang – laying didalam air, tetapi juga dapat hidup melekat didasar perairan disebut neustonik
Ganggang ini hidup di laut, bentuk tubuh seperti rumput sehingga disebut dengan rumput laut. Tubuh bersel banyak bentuk seperti lembaran. Warna merah karena mengandung pigmen fikoeritrin. Reproduksi seksual dengan peleburan antara spermatozoid dan ovum menghasilkan zigot. Zigot tumbuh menjadi ganggang merah. Contoh gangganng merah adalah Euchema spinosum, Gelidium, Rhodymenia dan Scinata. Euchemma spinosum merupakan penghasil agar-agar di daerah dingin. Ganggang merah mempunyai pigmen yang disebut fikobilin yang terdiri dari fokoeritrin (merah) dan fikosianin (biru). Hal ini memungkinkan ganggang yang hidup di bawah permukaan laut menyerap gelombang cahaya yang tidak dapat diserap oleh klorofil. Kemudian pigmen ganggang ini menyampaikan energi matahari ke molekul klorofil.
 Cadangan makanan
Alga menyimpan hasil kegiatan fotosintesis sebagal hasil bahan makanan cadangan didalam selnya. Sebagal contoh adalah alga hijau yang dapat menyimpan pati seperti pada tumbuhan tingkat tinggi.
Alga adalah organisme berkloroplas yang dapat mneghasilkan oksigen mclalui proses fotosintesis. Ukuran alga beragam dan beberapa micrometer sarnpai beberapa meter panjangnya. Alga tersebar luas di alam dan dijumpai hanipir di segala macam lingkungan yang terkena sinar matahari.
Kebanyakan alga adalah organisme akuatik yang tumbuh pada air tawar atnu air laut. Beberapa .icnis alga fotosintetik yang menggunakan CO sebagai sumber karbon dapat tumbuh dengan baik di tempat gelap (lengan mcnggunnkun senyawa organic sebagai sumber karbon, jadi bcrubah dan metabol isme fotosintesis menjad I metabolisme pernafasan dan perubahan mi bergantung pada keberadaan matahari
Alga memiliki sel-sel kloroplas yang berwarna hijau. mengandung kiorofil a dan b serta karcionoid. Pada kloroplas terdapat pirenoid hash asimilasi berupa tepung dan lemak. Cloropyceae terdiri atas scI kecil yang merupakan koloni berbentuk benang yang bercabang-cabang atau tidak adapula yang membentuk koloni yang menyerupai kormus tumbt ban tingkat tiriggi. Biasanyan hidup dalarn air tawar, menempatkan suatu bentos. Yang bersel besar dan ada pula yang hisup di air taut, terutama dekat pantai.
Flagel
Pada ganggang hijau yang bergerak terdapat dua flagella yang sama panjang, macamnya adalah stikonematik, pantonematik, dan pantokronematik, Pada sel yang dapat bergerak terdepat vakuola kontraktil didalam sitoplasmanya, vakuola ini berfungsi sebagai alat osmoregulasi
Algae mempunyai bermacam-macam bentuk tubuh:
1.   Bentuk uniseluler: bentuk uniseluler yang berflagela dan yang tidak berflagela.
2. Bentuk multiseluler: koloni yang motil, koloni yang kokoid, Agregasi: bentuk palmeloid, dendroid, dan rizopoidal, Bentuk filamentik: filamen sederhana, filamen bercabang, filamen heterotrikh, filamen pseudoparenkhimatik yang uniaksial dan multiaksial, Bentuk sifon/pipa, Pseudoparenkhimatik

Chapter 6. Protozoa

Pengertian Protozoa, Ciri-ciri dan Kelas - protozoa adalah berasal dari bahasa Yunani, yaitu protos artinya pertama dan zoon artinya hewan. Jadi,Protozoa adalah hewan pertama.Protozoa merupakan kelompok lain protista eukariotik. Kadang-kadang antara algae dan protozoa kurang jelas perbedaannya. Kebanyakan Protozoa hanya dapat dilihat di bawah mikroskop. Habitat hidupnya adalah tempat yang basah atau berair. Jika kondisi lingkungan tempat hidupnya tidak menguntungkan maka protozoa akan membentuk membran tebal dan kuat yang disebut Kista
Ciri -ciri Protozoa
1.Umumnya tidak dapat membuat makanan sendiri  (heterotrof) 2.Protozoa memiliki alat gerak yaitu ada yang berupa kaki semu, bulu getar (cillia) atau bulu cambuk (flagel).
3.Hidup bebas, saprofit atau parasit
4.Organisme bersel tunggal
5.Eukariotik atau memiliki membran nukleus/ berinti sejati
6.Hidup soliter (sendiri) atau berkoloni (kelompok)
7.Dapat membentuk sista untuk bertahan hidup. sista, merupakan bentuk sel protozoa yang terdehidrasi dan berdinding tebal mirip dengan endospora yang terjadi pada bakteri
8.Protozoa mampu bertahan hidup dalam lingkungan kering maupun basah.
9.Protozoa tidak mempunyai dinding sel
10.Protozoa merupakan organisme mikroskopis yang prokariot
Protozoa dibagi 4 kelas
1     Rhizopoda (Sarcodina), alat geraknya berupa pseudopoda (kaki semu)
 • Amoeba proteus memiliki dua jenis vakuola yaitu vakuola makanan dan vakuola kontraktil.
• Entamoeba histolityca menyebabkan disentri amuba (bedakan dengan disentri basiler yang disebabkan Shigella dysentriae)
• Entamoeba gingivalis menyebabkan pembusukan makanan di dalam mulut radang gusi (Gingivitis)
• Foraminifera sp. fosilnya dapat dipergunakan sebagai petunjuk adanya minyak bumi. Tanah yang mengandung fosil fotaminifera disebut tanah globigerina.
• Radiolaria sp. endapan tanah yang mengandung hewan tersebut digunakan untuk bahan penggosok.
2. Flagellata (Mastigophora), alat geraknya berupa nagel (bulu cambuk). Dibagi menjadi 2 kelompok, yaitu:
• Golongan phytonagellata
- Euglena viridis (makhluk hidup peralihah antara protozoa dengan ganggang)
-Volvax globator (makhluh hidup peralihah antara protozoa dengan ganggang) - Noctiluca millaris (hidup di laut dan dapat mengeluarkan cahaya bila terkena rangsangan mekanik)
• Golongan Zooflagellata, contohnya :
-Trypanosoma gambiense & Trypanosoma rhodesiense. Menyebabkan penyakit tidur di Afrika.
3.  Ciliata (Ciliophora), alat gerak berupa silia (rambut getar)
 • Paramaecium caudatum Þ disebut binatang sandal, yang memiliki dua jenis vakuola yaitu vakuola makanan dan vakuola kontraktil yang berfungsi untuk mengatur kesetimbangan tekanan osmosis (osmoregulator). Memiliki dua jenis inti Þ Makronukleus dan Mikronukleus (inti reproduktif). Cara reproduksi, aseksual Þ membelah diri, seksual Þ konyugasi. • Balantidium coli Þ menyebabkan penyakit diare.
4. Sporozoa, adalah protozoa yang tidak memiliki alat gerak. Cara bergerak hewan ini dengan cara mengubah kedudukan tubuhnya. Pembiakan secara vegetatif (aseksual) disebut juga Skizogoni dan secara generatif (seksual) disebut Sporogoni. contohnya Toxopinsma dan Plasmodium.


Peranan Protozoa Peran menguntungkan :
·         Mengendalikan populasi Bakteri, sebagian Protozoa memangsa Bakteri sebagai makanannya, sehingga dapat mengontrol jumlah populasi Bakteri di alam. Sumber makanan ikan,
·         Di perairan sebagian Protozoa berperan sebagai plankton (zooplankton)  dan benthos yang menjadi makanan hewan air, terutama udang, kepiting, ikan, dll.
·         Indikator minyak bumi, Fosil Foraminifera menjadi petunjuk sumber minyak, gas, dan mineral.
·         Bahan penggosok, Endapan Radiolaria di dasar laut yang membentuk tanah radiolaria, dapat dijadikan sebagai bahan penggosok.
Peranan Protozoa Peran menguntungkan :
Disentri Diare (Balantidiosis), Penyakit tidur (Afrika), Toksoplasmosis (kematian janin), Kalaazar Surra (hewan ternak)

Chapter 6. Mesofauna dan Makrofauna

Makrofauna tanah merupakan organisme tanah  dengan diameter tubuh (ukuran tubuh) 2-20 mm. Hewan tanah berfungsi sebagai konsumen dan terkonsentrasi pada lapisan tanah permukaan yang diperkaya dengan bahan organik. Secara ekologis tanah tersusun oleh tiga kelompok material, yaitu material hidup (faktor biotik) yang berupa biota (jasad-jasad hayati), faktor abiotik berupa bahan organik, dan faktor abiotik berupa pasir (sand), debu (salt), dan liat (clay). Umunya sekitar 5 persen penyusun tanah merupakan biomass (biotik dan abiotik) atau bahan organik. Ruangan yang tersedia hanya memungkinkan pembahasan beberapa jenis yang paling melimpah dan penting. Kebanyakan berupa antropoda dan filum antropoda. Antropoda tanah yang paling penting yang akan dibahas meliiputi tungau, kelabang, kaki seribu, ekor pegas, serangga (semut, rayap, kumbang) dan larva serangga. Hewan tanah non antropoda penting yang akan dibahas adalah nematoda dan cacing.
·         Kutu (Arachnida) Sebagian besar makrofauna ini memakan serat-serat organik mati seperti hifa jamur dan benih, ada yang memakan telur serangga dan mikrofauna lain seperti springtail.
·         Lipan mempunyai pasangan kaki banyak dan merupakan vegetarian atau pengurai, hewan ini memakan bahan organik mati (saprofag) dan beberapa mencari miselium fungi, sedangkan kelabang yang berkaki lebih sedikit ketimbang lipan, merupakan pemakan daging (karnivora)fauna berukuran sebesar kepalanya.
·         Tempayak atau larva serangga sejenis kumbang coklat atau kutu busuk, berbentuk bulat, putih dan panjang 1-2 cm, berkepala hitamberkaki tiga. Makanan utamanya adalah rumput, taspi juga berbagai tanaman pertanian.
·         Lundi putih adalah kumbang lonta coklat (Melolonthidae). Lundi berbentuk bulat, putih, dengan panjang sekitar 2,5 cm dan melengkung seperti berbentuk C bila terganggu. Lundi ini terutama memakan akar rumput, yang menyebabkan bercak-bercak kematian di halaman rumput. Tetapi juga berbagai tanaman pertanian sehingga menjadi hama tanaman yang penting.
·         Semut hewan tanah yang berperan penting dalam perombakan bahan organik. Semut memakan sisa-sisa organisme yang mati dan membusuk. Pada umumnya perombakan bahan-bahan organik dalam saluran pencernaandibantu oleh berbagai enzim pencernaan yang dihasilkan oleh mesenteron dan organisme yang secara tetap bersimbiosis dengan pencernaannya.
·         Cacing tanah yang pada umumnya “Lumbricus terrestris”, yang diimpor Amerika Serikat dari Eropa. Lumbricus terrestries membuat ronnga yang dangkal dan makan bahan tanaman setiap malam hari. Beberapa material tumbuhan ditarik kedalam liang. Cacing tanah memakan tumpukan jerami rumput dan membantu mencegah kenumpuknya jerami rumput yang dibentuk oleh rumput balap. Cacing juga memakan camputan tanah dan bahan organik, bersarang di dalam tanah dan saat bergerak
Mesofauna adalah jenis fauna yang memiliki ukuran tubuh 0,1 – 2 mm. Umumnya jenis yang mendominasi pada tanah hutan adalah arthropoda. Jenis-jenis springtails, sow bugs, ticks dan mites, jumlahnya banyak sekali pada semua tanah hutan dan sangat berperan dalam proses dekomposisi seresah. Jenis-jenis ini umumnya makan bahan organik dan melakukan pemindahan bahan organik dari permukaan kedalam horison tanah. Beberapa jenis seperti sow bugs aktif sebagai pemakan daun atau kayu yang mati sehingga sangat penting dalam proses penghancuran daun-daun segar yang jatuh. Dengan demikian akan memperbaiki struktur pada tanah permukaan.


DAFTAR PUSTAKA


Achamad. 2011. Teori Endosimbiosis Serial dalam Evolusi Eukariota .http://achamad.staff.ipb.ac.id Diakses 17 Oktober 2013
Campbell, dkk. 2003. Biologi jilid 2. Jakarta: Erlangga
Demirbas, A dan  M.F. Demirbas. 2011. Importance of algae oil as a source of biodiesel. Energy Convert and Manage 52: 163-170.
Dewitt. 2010. Dewitt and Company Inc. http://www.methanol.org Diakses 7 september 2013
Grafindo Persada
Hanafiah, Kemas.2005.Dasar-dasar Ilmu Tanah.Jakarta : PT Raja
Hardjowigeno, Sarwono.2007.Ilmu Tanah.Jakarta : Akademika Pressindo
Hossain, A. Salleh, Boyce, P. Chowdhury dan M. Naqiuddin. 2008. Biodiesel fuel production from algae as renewable energy. Journal of Biochem. Biotech., 4 (3): 250-254.
Irwan, Z.D.1992. Prinsip-prinsip Ekologi dan Organisasi: Ekosistem, Komunitas dan Lingkungan.Jakarta : Bumi Aksara.
Jacquot, Jeremy.2010.  5 Companies Making Fuel from Algae Now. Popular Mechanics. http://www.popularmechanics.com Diakses 7 September 2013
Janaun, J. and E. Naoko. 2010. Perspectives on biodiesel as a sustainable fuel. Renew Sustain Energy  (14) 1 : 1312-1320.
Kimball, John W. 1999. Biologi jilid 3. Jakarta: Erlangga
Lee, Andrew K. Lewis, David M. Ashman, Peter J. 2009. Microbial flocculation: a potentially low-cost harvesting technique for marine microalgae for the production of biodiesel.  J Appl Phycol. 21: 559-567.
Leksono, A.Setyo.2007.Ekologi Pendekatan Deskriptif dan Kuantitatif. Malang : Bayumedia
Pelczar, Michael J. 1986. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jakarta: UI-Press
Penas. 2010. Evolution. http://www.pnas.org. Diakses 16 Oktober 2013
Schenk, P.M., S.R. Thomas-Hall, E. Stephens, U.C. Marx, J.H. Mussgnug, C. Posten. O. Kruse dan B. Hankamer. 2008. Second generation biofuels: High-Efficiency microalgae for biodiesel production. Bioenergy Res (1): 20-43
Suin, N.M.2006.Ekologi Hewan Tanah.Jakarta : Bumi Aksara
Tickell, J. 2000. From the Fryer to the Fuel Tank third ed. LA: Tickell Energy Consultants Covington
Tran, N.H., Bartlett, J.R., Kannangara, Milev, A.S., Volk, H., Wilson, M.A. 2010. Catalytic upgrading of biorefinery oil from micro-algae.J Fuel tech 89 : 265–274
Suwignyo, Sugiarji, dkk. 2005. Avertebrata jilid I. Bogor: Penebar Swadaya.
Jasin, Maskoeri.1984. Zoologi Invertebrata. Surabaya: Sinar Wijaya.
Adelman, Z. N., C. D. Blair, J. O. Carlson, B. J. Beaty, and K. E. Olson. 2001. Sindbis virus-induced silencing of dengue viruses in mosquitoes. Insect Mol. Biol. 10:265–273.
Adelman, Z. N., I. Sanchez-Vargas, E. A. Travanty, J. O. Carlson, B. J. Beaty, C. D. Blair, and K. E. Olson. 2002. RNA silencing of dengue virus type 2 replication in transformed C6/36 mosquito cells transcribing an inverted- repeat RNA derived from the virus genome. J. Virol. 76:12925–12933.
Anandalakshmi R., Pruss G. J., Ge X., Marathe R., Mallory A. C., Smith T. H., and Vance V. B., 1998.  A viral suppressor of gene silencing in plants. Proc. Natl. Acad. Sci. 95: 13079-13084.
Angel S. M. and Baulcombe D. C., 1997. Consistent gene silencing in transgenic plants expressing a replicating potato virus X RNA.EMBO J. 16, 3675-3684.
Bernstein E., Caudy A. A., Hammond S. M., Hannon G. J., 2001. Role for a bidentate ribonuclease in the initiation step of RNA interference. Nature 409, 363-366.